A nova versão do emissor de nf-e inicia por padrão a numeração da nota na sequência 001. Apesar da mudança de versão, dentro da mesma série da nf-e não pode haver repetição de numeração. Sendo assim o correto é continuar a numeração a partir da última nota emitida na versão anterior do programa.
Como exemplo, se a última nota emitida na versão anterior foi a de número 500, quando criar sua primeira nota no programa novo deverá alterar manualmente o número da nota para 501, continuando assim a sequência.
Para alterar o número da nota sugerido no programa, basta clicar com o mouse no campo número e digitar o número desejado. O ajuste se faz necessário apenas na primeira nota. Após isso o sistema seguirá a sequência sozinho.
Caso o usuário não altere a numeração e tente transmitir a nota vai obter a rejeição 539 - Duplicidade de nf-e com diferença na chave de acesso. O erro de duplicidade acontece pois a Sefaz identifica que já existe uma nota emitida anteriormente com o mesmo número.